（1）同一建設(shè)工程項目另行訂立的建設(shè)工程施工合同未改變經(jīng)過招標(biāo)備案的合同的實質(zhì)性內(nèi)容，應(yīng)視為補充協(xié)議并作為結(jié)算依據(jù)。在建設(shè)工程施工合同中，所謂黑合同對白合同造成實質(zhì)性的改變，主要是指兩份合同在工程價款、工程質(zhì)量或工程期限等三個合同實質(zhì)性內(nèi)容方面是否進行了重大修改，補簽合同中對工程價款、質(zhì)量、工期的約定并非一定是對中標(biāo)合同的實質(zhì)性改變，如果是對中標(biāo)合同實質(zhì)性內(nèi)容的補充，則補簽合同不應(yīng)視為黑合同。
【參閱案例】
【上訴人隴西縣隆盛糧油加工有限責(zé)任公司與上訴人甘肅弘德永興建筑安裝工程有限責(zé)任公司、原審被告李文斌建設(shè)工程合同糾紛（2016）甘民終391號】
案情簡介：2011年7月24日，弘德公司中標(biāo)后，與隆盛公司簽訂中標(biāo)備案的建設(shè)工程施工合同（以下簡稱中標(biāo)合同）；2011年7月21日，弘德公司與隆盛公司簽訂建設(shè)工程施工合同（以下簡稱補簽合同），該合同的簽訂時間為2011年7月21日，但該合同的實際簽訂時間是在中標(biāo)合同之后，通過中標(biāo)合同的約定內(nèi)容即可反映出補簽合同是于中標(biāo)合同后簽訂的。
法院認(rèn)為：《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十一條規(guī)定，當(dāng)事人就同一建設(shè)工程另行訂立的建設(shè)工程施工合同與經(jīng)過備案的中標(biāo)合同實質(zhì)性內(nèi)容不一致的，應(yīng)當(dāng)以備案的中標(biāo)合同作為結(jié)算工程價款的根據(jù)。雖然工程價款、工程質(zhì)量和工程期限是建設(shè)工程合同的實質(zhì)性內(nèi)容，是對當(dāng)事人之間利益影響很大的因素，但雙方在簽訂中標(biāo)合同時對合同價款約定為可調(diào)價，同時約定可調(diào)價款調(diào)整方式和調(diào)整因素，中標(biāo)合同約定的結(jié)算價款因工程價格存在調(diào)整，約定的工程總價款并不是最終結(jié)算價款。雙方補簽合同正是對價款調(diào)整方式及調(diào)整因素作出工程價款最終的約定，補簽合同中對工程價款的約定不是對中標(biāo)合同工程價款的實質(zhì)性改變，而是對中標(biāo)合同工程價款的補充。因此，補簽合同中工程價款的約定應(yīng)作為工程結(jié)算的依據(jù)。
（2）同一建設(shè)工程項目另行訂立的建設(shè)工程施工合同與經(jīng)過招標(biāo)備案的合同的實質(zhì)性內(nèi)容不一致的，以實際履行的合同作為結(jié)算依據(jù)。依據(jù)《中華人民共和國招標(biāo)投標(biāo)法》相關(guān)規(guī)定，建設(shè)工程的對外承包在滿足一定條件時需經(jīng)招投標(biāo)程序，若發(fā)包人與承包人在招投標(biāo)過程中存在違反《中華人民共和國招標(biāo)投標(biāo)法》的強制性規(guī)定的情形時，經(jīng)招標(biāo)備案的合同應(yīng)被認(rèn)定為無效合同，因此，招標(biāo)備案合同的補充協(xié)議及另行訂立的建設(shè)工程施工合同亦應(yīng)認(rèn)定為無效合同，《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛意見適用法律問題的解釋》第二十一條適用的前提是中標(biāo)合同有效。在就同一建設(shè)工程分別簽訂的多份施工合同均被認(rèn)定無效后，按照《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛意見適用法律問題的解釋》第二條的規(guī)定，仍應(yīng)參照合同約定結(jié)算工程價款。具體參照哪一份合同，則應(yīng)從平衡雙方當(dāng)事人的利益關(guān)系、便于審理的因素考慮，根據(jù)當(dāng)事人的真實意思和實際履行情況決定。
【參閱案例】
【廣西桂凱建筑工程有限公司與樂業(yè)縣嘉樂房地產(chǎn)開發(fā)有限公司建設(shè)工程施工合同糾紛（2016）最高法民申1285號】
案情簡介：發(fā)包人嘉樂公司與承包人桂凱公司就同一工程項目先后共簽訂三次不同的合同，第一份合同于2006年4月22日簽訂，第二份合同為中標(biāo)備案合同于2006年6月13日簽訂，第三份合同于2008年5月10日簽訂。
法院認(rèn)為：《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛意見適用法律問題的解釋》第二十一條適用的前提是中標(biāo)合同有效。在就同一建設(shè)工程分別簽訂的多份施工合同均被認(rèn)定無效后，按照《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛意見適用法律問題的解釋》第二條的規(guī)定，仍應(yīng)參照合同約定結(jié)算工程價款。具體參照哪一份合同，則應(yīng)從平衡雙方當(dāng)事人的利益關(guān)系、便于審理的因素考慮，根據(jù)當(dāng)事人的真實意思和實際履行情況決定。2008年5月10日合同是雙方真實意思的表示，亦是雙方實際履行的合同，故以其作為工程款結(jié)算的依據(jù)是正確的。