股東糾紛律師提醒：股權轉讓協議方面的風險主要有以下兩點：
1.形式不規(guī)范
（1）未訂立書面股權轉讓協議。交易雙方達成股權轉讓合意是股權轉讓法律關系成立的基礎。
一般而言，股權交易較為重大，且內容復雜，故有必要訂立書面股權轉讓協議，以更為清晰地展現交易雙方的意思表示，減少糾紛。
實踐中，存在以下兩類不規(guī)范的協議形式：一類是口頭協議，另一類是未單獨訂立股權轉讓協議，僅在股東會決議中包含了股權轉讓內容。
股權轉讓糾紛案件反映，交易雙方發(fā)生爭議時，一方當事人往往會利用前述不規(guī)范的協議形式，否認雙方間已達成股權轉讓合意或主張股東會決議包含的股權轉讓內容不可訴。
在口頭協議情形下，法院通常綜合雙方間磋商過程、實際履行情況等予以判定，主張已達成合意的一方存在舉證不能的風險；
在股東會決議中包含股權轉讓內容的情形下，法院傾向于認為，股東會決議與股權轉讓協議存在主體及內容差異，前者系標的公司股東間就公司治理達成的合意，后者系股權交易雙方就股權轉讓事宜達成的合意，股東會決議原則上不可訴，僅在決議形成的權利義務屬于合同法調整范疇的例外情形下，才部分可訴。
由此，混淆股東會決議與商事平等主體間的股權轉讓協議，會給股權轉讓的實現造成不必要的障礙。
（2）股權轉讓協議簽署瑕疵。多起案件反映，股權轉讓協議因一方或雙方未簽字而被認定未成立。
另外，委托他人代辦股權工商變更登記、代為簽署股權轉讓協議的情況在實踐中較為普遍，且通常缺少規(guī)范的委托授權手續(xù)。
交易一方在后期不愿意履行股權轉讓協議時，常利用前述簽署上的瑕疵，以冒名簽署為由，主張協議并非其真實意思表示。在沒有事實輔證存在有效代為簽署行為的情形下，法院原則上認定股權轉讓協議因未真實簽署而無效。
（3）就同一股權轉讓簽訂數份內容相異的協議。
一類是交易雙方在締約或履行過程中形成數份書面協議，但未明確數份協議間是否構成變更、替代，因而產生以何者為準的爭議；另一類是交易雙方出于避稅目的，形成一份專門用于工商登記備案的股權轉讓協議，集中表現為股權轉讓款價格低于實際履行的價格。
此類出于避稅目的形成的協議，本身因具有避法屬性或是構成雙方虛偽意思表示而存在效力瑕疵，且在履行過程中,受讓方常依據工商登記備案的協議，主張少支付股權轉讓款。
此類案件中，法院多以探尋交易雙方真實意思為出發(fā)點，結合磋商過程、協議締結時點的股權估值、實際履行情況等作綜合認定。
（1）股權轉讓協議約定不明。
一類是未作約定。遺漏股權轉讓款數額，支付方式與時間，變更登記辦理時間，違約責任等股權轉讓協議主要條款，易引發(fā)履行標準，甚至是股權轉讓合意達成與否的爭議。
另一類是約定表述不明。交易雙方雖就某一事項作出約定，但表述歧義或是意思不明確。有一起案件反映，雙方當事人在同一股權轉讓協議中就多個標的公司的股權轉讓予以打包轉讓，但未明確各個標的公司股權的具體對價。后因其中一個標的公司股權轉讓發(fā)生糾紛，雙方就違約金的計算基數為整體股權轉讓款，抑或系爭標的公司對應的股權轉讓款而產生爭議。
（2）混淆轉讓主體，將標的公司列為股權轉讓方。
實踐中，有限責任公司與股東人格區(qū)分不明顯的現象較多，這在一人有限責任公司領域表現得尤為明顯。這種不當的公司治理理念反映在股權轉讓中，便表現為股東意志與公司意志的等同，將股權轉讓方列為標的公司。
《中華人民共和國公司法》（以下簡稱《公司法》）第142條嚴格限定公司收購本公司股份的情形、程序、轉讓及注銷時間。
由此，在股權轉讓法律關系中，除標的公司員工股權激勵計劃、處置回購的本公司股份等特殊情形外，股權轉讓義務的主體為標的公司股東，而非標的公司本身。
在公司股東轉讓股權場合，不當地將股權轉讓方列為標的公司，容易產生轉讓主體及協議有效性爭議。
此類案件中，法院原則上認為，標的公司本身并不享有自己的股權，以標的公司名義與受讓人簽訂的股權轉讓協議違反《公司法》規(guī)定，應屬無效。
另有判決依照股權轉讓款收取方為標的公司股東、股權轉讓協商過程等實際履行情況認定法律關系的主體為標的公司股東。