（一）勞動關(guān)系認(rèn)定難
勞動關(guān)系存在與否是勞動爭議糾紛案件審理中的起點和難點。在關(guān)聯(lián)企業(yè)獨立用工、指派用工或交替用工情況下，勞動者在某一特定時間段內(nèi)的勞動關(guān)系一般可以找到唯一的用人單位。在關(guān)聯(lián)企業(yè)獨立用工但人事管理混同的情況下，雖然用工管理實際歸屬于某一企業(yè)，但勞動合同簽訂、社會保險繳納、工資發(fā)放由不同的主體進(jìn)行，事實勞動關(guān)系的認(rèn)定條件分散在各個關(guān)聯(lián)企業(yè)之間，因多家關(guān)聯(lián)企業(yè)這一整體并不能作為現(xiàn)行法律規(guī)范下適格的用人單位，在案件證據(jù)無法幫助確認(rèn)哪一家企業(yè)更具有用人單位的特征時，關(guān)聯(lián)企業(yè)的獨立性就會成為阻礙勞動關(guān)系認(rèn)定的難題。
在關(guān)聯(lián)企業(yè)交叉/同時用工情形下，勞動者同一時間段內(nèi)同時受多家關(guān)聯(lián)企業(yè)的管理，其勞動成果歸屬于多家關(guān)聯(lián)企業(yè)，勞動者與各個關(guān)聯(lián)企業(yè)之間的用工形態(tài)均符合建立事實勞動關(guān)系的特征，在現(xiàn)行勞動法律法規(guī)未明確承認(rèn)多重勞動關(guān)系的情況下，如何確認(rèn)用人單位主體亦十分困難。
(二) 勞動合同簽訂認(rèn)定難
關(guān)聯(lián)企業(yè)用工形態(tài)的復(fù)雜化，導(dǎo)致了用人單位主體的不唯一，對于勞動合同簽訂的相關(guān)認(rèn)定問題提出了諸多新的挑戰(zhàn)：
在勞動者與關(guān)聯(lián)企業(yè)中一家簽訂勞動合同后至另一家工作時，后一企業(yè)是否需要重新與勞動者簽訂勞動合同？勞動者在關(guān)聯(lián)企業(yè)間連續(xù)簽訂勞動合同，是否可以重復(fù)約定試用期？勞動者工作崗位、工作內(nèi)容、工資待遇等保持不變，關(guān)聯(lián)企業(yè)要求勞動者變換勞動合同用人單位主體時，是否屬于《勞動合同法》第46條第5項規(guī)定的“用人單位維持或者提高勞動合同約定條件續(xù)訂勞動合同”，勞動者是否有權(quán)拒絕續(xù)簽并主張經(jīng)濟(jì)補償金？勞動者先后在關(guān)聯(lián)企業(yè)工作、與不同企業(yè)簽訂勞動合同，在判斷是否滿足簽訂無固定期限勞動合同時，勞動者在關(guān)聯(lián)企業(yè)的工作年限、簽訂勞動合同次數(shù)是否應(yīng)當(dāng)累計？
就簽訂無固定期限勞動合同條件而言，審判實踐對此觀點就不盡統(tǒng)一。
廣東省高級人民法院認(rèn)為，用人單位通過設(shè)立關(guān)聯(lián)企業(yè)，在與勞動者簽訂勞動合同時交替變換用人單位名稱惡意規(guī)避《勞動合同法》第14條的行為，應(yīng)當(dāng)認(rèn)定為無效行為，勞動者的工作年限和訂立固定期限勞動合同的次數(shù)仍應(yīng)連續(xù)計算。江蘇省高級人民法院在陳某訴某智庫公司勞動爭議案件中認(rèn)為，兩家公司雖然有投資關(guān)聯(lián)，但均是獨立承擔(dān)民事責(zé)任的法人主體，陳某自愿與前一單位解除并入職后一單位，其先后與兩家單位簽訂勞動合同，不構(gòu)成與同一家單位連續(xù)訂立二次固定期限勞動合同情形。
（三）連續(xù)工作年限認(rèn)定難
關(guān)聯(lián)企業(yè)用工情況下，勞動者對應(yīng)的用人單位主體不唯一，當(dāng)最后一家企業(yè)與勞動者之間的勞動關(guān)系終止或解除，勞動者主張經(jīng)濟(jì)補償或賠償金時，最后一家企業(yè)往往以其對勞動者在關(guān)聯(lián)企業(yè)間用工事實不知情、勞動者從前企業(yè)離職時提交了“因個人原因離職”的辭職報告等為由，抗辯勞動者在關(guān)聯(lián)企業(yè)的工作年限不應(yīng)連續(xù)計算。
由此，勞動者在關(guān)聯(lián)企業(yè)的工作年限是否屬于《最高人民法院關(guān)于審理勞動爭議案件適用法律問題的解釋（一）》第46條規(guī)定的“非因勞動者原因”變換用人單位應(yīng)當(dāng)累計計算工作年限的情形，是審判實踐面臨的又一難題。
（四）關(guān)聯(lián)企業(yè)間的責(zé)任分擔(dān)認(rèn)定難
關(guān)聯(lián)企業(yè)用工案件中，勞動者的訴訟目的均是要求相對方履行支付工資、社會保險待遇或經(jīng)濟(jì)補償金、賠償金等金錢給付義務(wù)，為了保證其權(quán)利最終能夠得到實現(xiàn)，越來越多的勞動者要求關(guān)聯(lián)企業(yè)承擔(dān)連帶給付責(zé)任。
然而，連帶責(zé)任必須由法律規(guī)定或者當(dāng)事人約定，關(guān)聯(lián)企業(yè)用工并非勞動法律法規(guī)所規(guī)定的應(yīng)當(dāng)連帶責(zé)任的情形，關(guān)聯(lián)企業(yè)亦不可能與勞動者約定對其權(quán)益承擔(dān)連帶責(zé)任，判令關(guān)聯(lián)企業(yè)對勞動者承擔(dān)連帶給付義務(wù)，缺乏明確的法律依據(jù)和具體的裁判尺度。
現(xiàn)有生效判決在判斷關(guān)聯(lián)企業(yè)是否需要對勞動者承擔(dān)連帶責(zé)任時，均未引用具體的法律條文，但審理思路、裁判尺度大相徑庭：有的從關(guān)聯(lián)企業(yè)間是否存在交叉用工等混同用工行為進(jìn)行評價，存在混同用工則需承擔(dān)連帶責(zé)任，否則不承擔(dān)；有的從關(guān)聯(lián)企業(yè)是否存在人格混同角度評價，人格混同則承擔(dān)連帶責(zé)任，否則不承擔(dān)；有的從用人單位轉(zhuǎn)換是否系勞動者本人意愿角度評價，認(rèn)為非因勞動者本人原因變換用人單位的，關(guān)聯(lián)企業(yè)應(yīng)當(dāng)對勞動者的經(jīng)濟(jì)補償金或賠償金承擔(dān)連帶給付責(zé)任。